Sejarah MAN 1 Musi Banyuasin bermula pada tahun 1980, ketika terjadi pengalihan atau pemindahan dari MAN Kayu Agung, Kabupaten Ogan Komering Ilir, menjadi MAN Sekayu. Perubahan tersebut berkaitan dengan perkembangan kebutuhan pendidikan serta kedudukan Sekayu sebagai ibu kota Kabupaten Musi Banyuasin. Kehadiran madrasah ini menjadi bagian penting dalam upaya memperluas akses pendidikan Islam bagi masyarakat setempat.

Seiring dengan perkembangan lembaga dan peningkatan perannya dalam dunia pendidikan, pada tahun 2003 MAN Sekayu berubah nama menjadi MAN Model Sekayu. Perubahan nama tersebut menjadi salah satu tonggak perjalanan madrasah dalam mengembangkan kualitas pembelajaran, membina karakter peserta didik, serta meningkatkan mutu penyelenggaraan pendidikan.

Selanjutnya, pada tanggal 30 Agustus 2017, MAN Model Sekayu berubah nama menjadi MAN 1 Musi Banyuasin melalui penetapan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sumatera Selatan. Perubahan nama ini merupakan bagian dari kebijakan penataan penamaan madrasah negeri di lingkungan Kementerian Agama Republik Indonesia.

Dalam perkembangannya, MAN 1 Musi Banyuasin terus berupaya meningkatkan kualitas pendidikan dengan memadukan nilai-nilai keislaman, ilmu pengetahuan, teknologi, pembentukan karakter, pengembangan potensi, pencapaian prestasi, dan kepedulian terhadap lingkungan. Berbagai program pendidikan dikembangkan untuk menciptakan lingkungan belajar yang kondusif sekaligus mempersiapkan peserta didik agar mampu menghadapi tantangan zaman.

Berlandaskan visi sebagai lembaga pendidikan Islami yang berbasis teknologi, unggul, berkarakter, dan berwawasan lingkungan, madrasah terus berbenah dan berinovasi untuk mencetak generasi yang beriman, berakhlak mulia, berilmu, mandiri, berprestasi, serta mampu memberikan kontribusi positif bagi masyarakat, bangsa, dan negara.